打完二周目之后就有点迷茫，不了解接下来该干啥子才能进入下一轮冒险。其实三周目的开始是有一系列前置条件需要达成的，并不是打完联盟就自动跳出来的。首先你得确保你的二周目流程是真的彻底结束了，这包括不仅限于击败了新的四大天王、完成了七之岛的寻觅任务，还有那些决定因素的宝石也找齐了交差了才行。如果你只是简单通关了一周目，那离三周目还远着呢，得先老老实实把二周目的内容都尝试完。

壹个很决定因素的流程就是去找大木博士更新你的图鉴。当你收集的宝可梦种类达到一定数量后，比如原版也许是60种，博士就会帮你把图鉴更新到全国图鉴玩法，这可是推进剧情的重要一步。之后你会发现精灵联盟的四天王其中一个科拿出去旅游了，暂时没法挑战，这就提示你需要去寻找新的剧情线了。这时候你就得从枯叶市坐船出发，前往一之岛开始新的探险。在一之岛的网络中心，你会从NPC那里得知他们的机器需要红宝石才能运行，这就给你指明了接下来的路线——去灯火山找红宝石。这个寻找宝石的经过正是二周目剧情的核心部分其中一个。

拿到红宝石之后，故事还远没有结束。你把红宝石交给一之岛的NPC，他会告知你还需要另一块对应的蓝宝石，并会给你能够在七之岛之间自在航行的彩虹通行证或者船票。这意味着更大的地图对你放开了，你需要乘船穿梭于各个岛屿之间。比如在四之岛，你也许会遇到你的老对手但不发生战斗，同时岛上还有壹个存在溜冰谜题的冰洞，里面可以拿到攀瀑技能，让你能去新的地方。在寻觅这些岛屿的经过中，你还会遭遇火箭队的残党，击败他们可以获取密码等决定因素信息，一步步揭露他们的新阴谋。

整个流程推进下去，最终你会在六之岛的壹个洞穴里找到蓝宝石，但很也许会被尾随的火箭队成员抢走。这就需要你根据得到的密码，前往五之岛的火箭队仓库，击败里面的头目，把蓝宝石夺过来。当你把蓝宝石也带回一之岛的网络中心后，机器就能完全运转了，这也标志着二周目的主要任务告一段落。有些资料完成这些后，你就可以前往七之岛，穿过一片山谷，在最深处的洞穴里遇见并挑战特别强大的宝可梦，这通常被视为游戏后期的壹个重要挑战点。